Протруйники застосовують з метою захисту насіннєвого (посадкового) матеріалу, а в подальшому і рослин від збудників інфекційних хвороб і шкідників, як ґрунтових, так і наземних. Ці хімічні засоби захисту рослин попереджають появу хвороб і шкідників, завдяки різним механізмам дії, а також їх профілактичним і лікувальним властивостям.